Además de contar con sesenta quebradas entre las cuales están la de Oro, La Salud, Cristy y Sábalos, y con caños como el de La Boquilla, el Emajagual, el Merle y el Corazones, Mayagüez tiene grandes ríos como el Guanajibo, que marca su límites meridional, el Yagüez, (de arenas auríferas), en su mismo centro, y el Guaorabo, que marca su límite septentrional, todos los cuales desembocan en el Canal de Mona. Este último fue quizás "el Aguada" de los primeros colonos europeos que llegaron a colonizar la Isla en el siglo XVI y hoy es conocido como Río Grande de Añasco. A pesar de su nombre moderno, su ribera sur corresponde a Mayagüez.

Tierra adentro, entre cerros y montañas fluyen otros ríos, como el Mayagüecillo, Cañas, Casei, Hondo, Arenas, Guabas y el Bucarabones, los cuales desembocan en otros ríos mayores que, a su vez llegan al Canal de La Mona.