Hay dos colores que actualmente representan y distinguen emblemáticamente a Mayagüez: el azul y el verde. Ambos proceden de escudo de armas oficial de la ciudad, en el cual hoy constituyen, respectivamente, el campo heráldico de cada uno de dos cuarteles principales en que está dividido el escudo: el más honorífico, que es el jefe y, el más significativo, que es el de la punta, así como también proceden de la bandera oficial de la ciudad, en el cual constituyen, respectivamente, el fondo de cada uno de sus dos paños o mitades.

El color verde tiene una raigambre muy profunda en todo lo relacionado con el Nuevo Mundo y la epopeya colombina, así como en todo lo relacionado con la figura de Cristo, de cuya fé fue portador el Descubridor; mientras que el color azul es reminiscente de las aguas, íntimamente relacionado, por eso, con todo lo relativo a la mayor proeza náutica de todos los tiempos, el Descubrimiento, y con Mayagüez, por el significado del nombre de la ciudad, que en lengua taína significaba: "Lugar Grande de Aguas", por su sobrenombre o cognomen, de "Ciudad de las Aguas Puras", y por ser esta un puerto de mar y una ciudad ribereña.